医院创建于1934年，民族资本家范旭东先生在南京创建东亚第一大厂的同时建立了一所医院，聘请协和医院徐叔任院长。
1935年，挂牌“永利铔厂卫生院”，设有门诊、内外科、手术室。有医生、护士、助产士共19人。
1937年11月，日寇占领南京，医院西迁入川。
1939年5月，改名为：永礼化学工业株式会社浦口工业所医院。木腾正德（日）任院长
1946年2月，入川人员返宁，重新接收医院。
1949年4月，江北解放，医院被接管。
1950年，聘请鼓楼医院顾季芬医师来院主持业务工作。相继成立了妇产科、儿科、眼科、中医科、耳鼻咽喉科，并建立化验室，由德国医学博士许重五主持工作。
1952年7月，更名为：公私合营永利宁厂卫生院。
1959年4月，更名为：南京化学工业公司医院（南化医院）。
1960年，与南京市鼓楼医院签订“医疗技术协议合同”，进行医疗技术合作。
1962年8月，医院迁入新址，开放床位300张，下辖两个门诊部，职工432人。
文革中，医院的规模、业务工作一度受到影响。
1980年，医院床位恢复300张，实行全面对外开放，辐射范围包括原六合县、江浦县、浦口、安徽的来安、天长、和县。
1994年，医院通过首批国家“二甲”医院评审。
1997年，经省市政府部门批准，增挂“南京江北人民医院” 院牌。
2001年8月，随着新住院大楼的启用，按二级学科划分病区临床科室全部专科化，核定床位506张。
2004年，因国家政策，中国石化所有医院全部改制分流。江北人民医院是当时中石化效益最好的医院，因此成为中石化的首家改制试点单位，于2004年7月改制，注册为非营利性医院。
2007年6月，南京市卫生局正式发文，拟将我院提档升级为南京跨江发展规划建设的“三级医院”。
2010年11月，江苏省卫生厅发文，确定全省增设13家三级综合性医院，南京江北人民医院位列其中。
2011年3月，医院通过江苏省卫生厅三级医院资质效验。
2011年4月22日，省卫生厅【2011】32号文确认为三级医院。
2014年12月，医院通过三级乙等医院评审，成为江北地区第一家三级综合医院。
2015年10月，新门诊楼正式投入使用。
2016年，成为南京江北医疗集团旗下核心医院。
2017年，通过省卫健委三级乙等医院复评。与江苏省人民医院、解放军南 京总医院形成全面战略合作关系。
2018年，国家级胸痛中心、卒中中心、创伤中心落户医院。
2019年，急诊外科综合楼正式动工，全院启动三甲创建工作。
2021年3月，更名为：南京江北医院。
2022年7月，急诊外科综合楼正式投入使用。
